در سالهای آخر خلافت عثمان نیز که دستگاه خلافت دستخوش ضعف و تزلزل بود این گونه زد و خوردهای محلی همچنان وجود داشت. چنانکه در دوره خلافت پرآشوب علی نیز چون بصره و کوفه در دست وی بود ازین دو لشکرگاه کار فتوح همچنان دنبال می‌شد. چنانکه بعد از کشته شدن عثمان باز اهل استخر سر به شورش برآوردند و عبدالله بن عباس به فرمان علی عصیان آنها را در خون فرونشاند. ماهوی سوری مرزبان مرو به کوفه آمد و علی به دهقانان و اسواران و دهسالاران نامه نوشت و دستور داد تا جزیه خویش را به او پرداخت کنند. اما چندی بعد اوضاع خراسان آشفته. اهل نیشابور پیمان شکستند و از پرداخت جزیه و خراج امتناع کردند. علی لشکری به خراسان فرستاد و نیشابور را گرفت و مرو را نیز به صلح بازگشود با اینهمه، در پایان دوران خلافت وی خراسان همچنان آشفته بود و آشوب‌ها و جنگهای عراق و شام آن ولایت را نیز آشفته می‌داشت. اهل هر ناحیه عامل خویش را برکنار نمودند و علی ناچار شد برای رفع این آشوب زیاد بن ابیه را به ولایت فارس و کرمان منصوب کند. زیاد به هوشیاری، آن دو ولایت را امن کرد و به آشوب و شورش پایان داد .
زرین کوب، تاریخ ایران بعد از اسلام، ۳۵۰و۳۵۱
بعد از کشته شدن عثمان بن عفان در شورش سال ۳۵ هجری قمری (۵۶۲-۵۶۳ میلادی)، مردم اصطخر تصمیم به شورش گرفتند که عبدالله بن عباس به دستور پسر عمویش، علی بن ابی طالب، خلیفه چهارم، شورش اصطخر را در خون فرونشاند. مدتی نه چندان بعد، علی زیاد بن ابیه را برای سرکوب شورش فارس و کرمان در سال ۳۹ هجری (۶۵۹ میلادی) فرستاد. مردم نیشابور هم در خلافت علی معاهده خود را شکسته و از دادن جزیه و خراج سر باز زدند. خلیفه سپاهی فرستاد تا آنها را به فرمانبرداری بازگرداند .
زرینکوب در کتاب تاریخ ایران کمبریج
در حالی که در سالهای ۴۱-۳۵ هجری/۶۱-۶۵۶ میلادی، مسلمانان مشغول جنگهای داخلی بودند، اکثر مناطق ایران از کنترل امپراطوری عرب خارج شد. حتی بازماندگان سلسله ساسانی تلاشهایی برای بازیابی حکومتشان در شهرهای طخارستان و نیشابور انجام دادند. مسلمانان با تکیه بر خراج و مالیات موفق شدند دوباره کنترل مناطق آشوب زده را در دست گرفته و شورشها علیه والیان و افراد تحت حمایت آنان را بخوابانند. هپتالیان شهرهای بادغیس، هرات و فسانج همانند اهالی نیشابور از دادن مالیات به حاکمان عرب سر باز زدند. مردم شهر زرنگ هم مقر حکومتی حاکم خود را سرنگون کردند. از طرفی دیگر بدویان عرب نیز به شهرهای سیستان حمله برده و آنجا را تصرف کردند. در سال ۳۶ هجری/۷-۶۵۶ میلادی، فرمانهای علی به اشخاص برجسته محلی مبنی بردادن خراج به ماهویه مرزبان مرو باعث بروز شورشهایی در شرق خراسان علیه حکومت علی گردید و تا مرگ علی ادامه داشت.
بعد از جنگ صفین، هنگامی که علی مشغول شورشهای خوارج در عراق و فارس بود، مردمان مناطق جبال، فارس و کرمان در سال ۳۹ هجری/۶۵۹ میلادی از دادن مالیات سرباز زده و شروع به شورش کردند که روز به روز شدت می‌یافت و مردم این مناطق مامورین جمع آوری مالیات را از شهرهای خود بیرون راندند. زیاد بن ابیه برای سرکوب شورشها فرستاده شد و توانست شورش مردم اصطخر را سرکوب کرده و فارس و کرمان را آرام کند. علی همچنین نیرویی کمکی به نیشابور فرستاد تا شورش آنجا را نیز آرام کند.
بنوشته کرون٬ پیروز فرزند یزدگرد سوم موفق شد بعنوان شاه ایران در محلی که منابع چینی آن را جی لینگ نامیده‌اند مستقر شود که جی لینگ احتمالاً زرنج در سیستان بوده است. به تلاش پیروز در منابع اسلامی در هنگامی که از شورش زرنج٬ بلخ٬ بوشنج٬ و خراسان در هنگام جنگهای داخلی مسلمانان در زمان خلافت علی نوشته اند٬ اشاره شده است. این منابع خود پیروز را بیاد ندارند. اما نوشته اند که هنگامی که خٌلید بن کعث ٬ فرماندار جدید منصوب شده توسط علی برای خراسان٬ به نیشابور رسید. شنید که فرمانداران شاه ساسانی (عمال الکسری) از خراسان از کابل به خراسان آمده اند و خراسان شورش نموده است.[۱۲]کرون، می نویسد که در سال ۳۰ هجری/ ۶۵۰ یا ۳۱ هجری قمری/ ۶۵۱ میلادی (دوران خلافت عثمان) عبدلله ابن عامر٬ فرماندار بصره پس از فتح شهر جور عازم استخر شد تا این شهر را دوباره فتح کند. او قصد کرد تا به عنوان تنبیه جان تمام ساکنان شهر را بستناند. او بقولی چهل هزار و بقولی دیگر صد هزار و به عبارتی بسیاری را کشت. او بیشتر اشراف و اسواران نجیب زاده را نیز نابود نمود. تمام اینها مانع نشد که مردم استخر دوباره در زمان خلافت علی قیام نکنند.
دانشنامه ایرانیکا مایکل مورونی